序章一
雨夜，母亲坐在少女的床前。
少女：呐，妈妈？
母亲：…恩？怎么啦？
少女：那个…那些可怕的机器人是什么时候开始攻击我们人类的呢？
母亲：诶？这个呀…那时候你爸爸的爸爸，也就是爷爷都还没有出生呢。从那时起，我们人类就一直在和机器人抗争。
少女：恩…为什么机器人要攻击我们呢？
母亲：为什么呀…事实上连妈妈也不太清楚哦。听爷爷他们说，很久以前，机器人的国王被我们人类的救世主大人给打败了，因此就恼羞成怒了呢。
少女：那不是很不讲理吗。机器人的国王是做了什么坏事，才会被救世主大人教训吧？
母亲：是呀…所以我们决不能输给它们。
少女：那，等我长大以后，要把那些坏机器人全~部消灭光！
母亲：呵呵，这样呀，那就拜托你了哦…好啦，该睡觉啦，明天也要早起认真学习历史哦。要学会在能睡觉的时候，就好好的休息，不然将来真正参加战斗…
少女：可我真的不太喜欢学历史…我更喜欢训练体能，摆弄武器。
母亲：好啦，快睡觉吧。
少女：好吧。晚安，妈妈。
细心为女儿盖好被子，母亲走到门口，听着窗外的雨声，自言自语道：这雨要下到什么时候呢…
序章二
会议室，指挥官布置完了本次行动的作战事项，宣布一小时后作战开始，让众人分别去做准备。副指挥艾兰宣布解散，少女起身正欲离开，却被指挥官叫住了。
指挥官：菲妮亚，今天是你首次参与作战。觉得紧张吗？
少女：不，爸…不，指挥官。一点也不紧张。
指挥官：跟妈妈打过招呼了吗？
少女：…恩。
指挥官：…抱歉。
少女：哪有…
身为父亲的指挥官紧紧抱住即将首次参战的女儿。
最后一战
菲妮亚的父亲是人类抵抗组织的指挥官，而母亲则是组织的研究人员，随着时空跳跃设备的完成。这一天，父亲想让菲妮亚执行一项重要的任务，利用刚研制成功的设备返回100年前的神之塔，去阻止机械之王古罗鲁加尔德的复活。作战即便成功，菲妮亚也可能无法回到现在，母亲虽然万分不舍，但还是点头同意了，留给人类的时间已然不多，与其留在当下等待被消灭，回到过去或许也是一条生路。另一边，由于副指挥艾兰的变节，古罗鲁加尔德带队进入了基地内部，开始无差别屠杀人类。
传送装置之外，母亲将家传的项链给了菲妮亚，依依惜别之际，古罗鲁加尔德破墙而入，试图阻拦的众人完全不是对手，母亲奋力将菲妮亚推入传送装置，父亲用最后的力气抱住古罗鲁加尔德并引爆了炸弹。尘烟散去，古罗鲁加尔德毫发无伤，而传送装置也失去了踪影…
正文
斯拉特地区
因为艾鲁克等人的活跃，位于斯拉特北部的基斯雷姆镇，已经很长时间没有发生什么事件了。这也间接导致了艾鲁克的失业，这天他久违的接到了赏金猎人工会老爹的新任务，一伙被逐出城镇的盗贼团伙盘踞在东北边的垃圾处理站，准备伺机袭击镇子。轻松消灭盗贼团伙之后，天空突然浮现出一个诡异的空洞，一个昏迷不醒的女孩从中掉落，不偏不倚的落入艾鲁克怀中，正是目睹了父母惨死的菲妮亚。
艾鲁克将这神似故人库库鲁的神秘少女带回寄住的旅馆，想要一问究竟。然而家逢剧变的菲妮亚除了自己的名字，什么都想不起来。（剧情出门后需要返回房间再次与菲妮亚对话）看着眼前头痛欲裂的少女，艾鲁克只能放弃继续询问，转头去工会找找线索。刚进工会大厅，就看到一个老熟人，亦师亦友的——修。修对菲妮亚的情况也挺好奇，当即表示办结手头上的诱拐任务就过来帮忙，原来是镇子里的孤儿院有几个孩子被诱拐了，因为土地的归属权，孤儿院与镇子上的权贵产生了不少纠纷，这可能也是孩子们被诱拐的原因。绑架者已经确定了交易地点，就是镇子右下方的丹吉(DANGER)圆顶。
绑架者中倒也有识货的，认出来前来交易的居然是传说中的两位英雄，就差没有撒腿就跑，不想菲妮亚找了过来，胆大的匪首一把抓住想要以她为人质逼迫两人就范，末世出身的菲妮亚身手犹在，一拳打懵了匪首。失去依仗的绑匪被一顿胖揍后，老实交代了被绑孩子的藏匿地点，镇子北面的火山洞穴。一听说是火山洞穴，修感觉有点头大，洞穴里最近藏匿着可怕的怪物，别说孩子了，绑匪都未必能全身而退。菲妮亚左右没事可做，想跟两人同行，艾鲁克坚决反对，但修觉得菲妮亚身手不错，不至于成为累赘，于是三人约定，修先去交接任务，在火山洞穴入口与艾鲁克会合。
火山洞穴门口，绑匪的尸体横七竖八，被绑的孩子却下落不明，一行人深入洞穴深处，找到了被蜘丝裹成木乃伊的孩子，菲妮亚见状飞奔上前，却没注意身后5只巨大的蜻蜓循声而至，艾鲁克与修两人艰难消灭5只怪物，却发现另一只巨型蜻蜓正袭向菲妮亚，危急时刻艾鲁克一把推开菲妮亚，受到剧烈的撞击，菲妮亚的脑海中浮现出逃离基地时的场景，莫大的悲伤袭来，周身爆发出强烈的魔法波动，巨型蜻蜓随之湮灭，而菲妮亚也再次昏迷。
艾鲁克的房间，恢复记忆的菲妮亚同艾鲁克确认了当前的时间点，时间旅行者的身份让修与艾鲁克大为震惊，而修与艾鲁克就是后世传说中的救世主这一真相也让菲妮亚大受震撼。因为古罗鲁加尔德的乱入，时间机器没有能成功将菲妮亚送到正确的时间与地点，这让菲妮亚颇为沮丧，乐观的艾鲁克决定陪她去神之塔，让上次没有死成功的古罗鲁加尔德重新再死一遍。但目前人手有限，老战友阿列克就是个可靠的帮手。
阿列克同样是一名经验丰富的赏金猎人，但来到猎人工会，工会的老爹说最近都没有见过他，简直就像失踪了一样。修提议可以去问问安莉艾塔，安莉艾塔的别墅位于斯拉特南部的潘迪拉镇。来都来了，艾鲁克顺便跟菲妮亚介绍了一下猎人的机制，建议菲妮亚也登录成为猎人，这样就能利用猎人工会强大的情报网络。猎人登录需要完成测试任务，菲妮亚的首个任务是寻找一个包裹的失主，在镇子里问了一圈，得知失主似乎曾经拎着它从酒馆里出来，而酒馆的服务生告诉众人，失主的目的地似乎是东北角的垃圾处理场。（完成任务后，解锁任务系统，可自由交接任务，同时也可以自由使用事物所角落里的街机造型的电脑）
穿过基斯雷姆南面的坠机小径，三人来到了斯拉特南部的潘迪拉，安莉艾塔虽然一副富家小姐的样子，见到老友倒是非常高兴。她告诉众人阿列克最近的任务是前往神之塔，望着地图中遥远海岛上的高塔，众人为如何前往犯了难，艾鲁克似乎有了什么注意，于是他提议众人先回基斯雷姆。在基斯雷姆的小酒馆里，艾鲁克找到了正在吧台前小酌的比比加，艾鲁克拜托比比加维修的飞行器还没有完工，虽然机体调整已经告一段落，但引擎部分缺少关键的控制系统，似乎盘旋在北面瓦砾瀑布上空的那些讨厌的飞行机械身上就有同类零件。寻找零件的时候发生了一个小插曲，艾鲁克得意的指着一个零件说：“找到啦！”，科技水平隶属不同位面的菲妮亚弱弱的问了一句：“真的是这个吗？”，艾鲁克不满的表示不要小看他，修一锤定音：“你那个不对，这个才是控制系统。”。
回酒馆把控制系统转交比比加（打开菜单，选择物品，点击确认即可，但这里有个小BUG，吧台对面可以对话，但无法交接物品，需要站在比比加左右两侧转交）。在比比加的地下工坊，艾鲁克向菲妮亚介绍了自己的爱机“飞炎”，在之前的大战中，“飞炎”曾受到严重的毁坏，艾鲁克一个个找来替换的零件，还把比比加叫来帮忙，总算把“飞炎”恢复到现在的样子。末世的人类别说天空，连去地上活动都可能会丢掉小命，首次坐上“飞炎”体验飞行的穿越者菲妮亚感慨万千。途中艾鲁克发现飞船的燃料不足，决定就近降落到吉哈特的佩萨斯，向那里的猎人工会匀一点燃料。
吉哈特地区
混迹赏金猎人圈多年，工会对于这点小事自然是一口答应，加满尚需一点时间，工会前台建议艾鲁克四处逛逛消磨一下时间。左右无事，就顺道拜访一下在佩萨斯北方鲁萨执教的玛西亚（这里的“一点时间”是剧情推动，即便在旅馆睡上一晚，飞炎深不可测的油箱还是没满）。大战之后，玛西亚就在鲁萨当起了老师，有一名学生身患重病，情况紧急却不肯动手术，该学生的父母也因同样的疾病去世，所以觉得自己也没救了。孩子比较依赖父亲，而父亲带她出游的时候，曾在罗斯玛特鲁河旁边看见过名为“罗斯玛特鲁至宝”的花卉，花语是勇气，或者可以用来鼓励这名可怜的孩子。
罗斯玛特鲁河位于鲁萨的西面，看着眼前的“罗斯玛特鲁至宝”，玛西亚觉得自己也找回了勇气，她曾尝试单枪匹马来寻找“罗斯玛特鲁至宝”，却重伤而回，从此之后就畏惧战斗，这次也是受主角团的鼓励，才鼓起勇气参战的。鲁萨旅馆左侧的房间内，玛西亚告诉病床上的学生：“你父亲曾经拿着罗斯玛特鲁至宝向妈妈求婚，你出生那天，他也曾特地采了一束放在你的床头，他一定希望你能像这种花的花语一样，勇敢的去面对生活。”学生最终顺利完成了手术，而玛西亚也决定和主角团一起去神之塔。回到佩萨斯猎人工会，飞炎的补给工作也刚好完成，终于可以前往神之塔了。
神之塔地区
神之塔塔顶，猎人阿列克正在与怪人对峙，怪人晒笑：“区区一个赏金猎人，也敢挡老子的路”，挥手间就打飞了阿列克，正欲上前补刀，艾鲁克等人也终于登上了顶层。自称“MMM”组织高级干部“爆炎罗格斯”的怪人身手不凡，一番苦战之后终于啃下了这块硬骨头。从昏迷中醒来的的阿列克还有点懵，了解到事情的来龙去脉后，阿列克表示自己一路走来并没有见到什么古罗鲁加尔德，他是在执行某个调查遗迹的任务的时候接触到这个所谓“MMM”的神秘组织的。该组织别名“3M”(3M公司：你确定不是在阴阳我)，是一帮叫嚣要毁灭全人类的狂热分子，据说他们研制食人怪兽，策划无差别空袭，业已在多地制造了多起恶性事件。阿列克也是无意中听说该组织的干部罗格斯要来神之塔找什么“究极武器”，才一路赶过来，可惜还是晚了一步，“究极武器”已经被“3M”运走了。
好在“究极武器”需要填充远古科技精制提纯的能源，为了避免“3M”捅出更大的篓子，在他们拿到启动能源前，或者想办法破坏设备，或者想办法截胡能源。虽然没能遇到古罗鲁加尔德，菲妮亚预感这次的时间与机械之王存在着联系，可能是由于自己的穿越，导致了历史的改变，她请求艾鲁克一起协助阿列克去夺取启动能源。根据阿列克手头的情报，启动能源有可能在福雷斯特莫尔的古代遗迹之中。
福雷斯特莫尔地区
飞炎降落在福雷斯特莫尔，在港口城市利诺，修与玛西亚各自去搜集关于“3M”与古罗鲁加尔德的相关情报。而艾鲁克等人则准备去古代遗迹一探究竟，古代遗迹在福雷斯特莫尔北部，靠近莉萨（二代女主）的牧场，站在莉萨的木屋前，艾鲁克不由百感交集。两人许久未见，莉萨邀请众人在牧场休息一晚，次日再去攻略古代遗迹，夜晚，莉萨问起菲妮亚的事，艾鲁克表示菲妮亚穿越过来无依无靠的，自己只是拿她当妹妹看待。莉萨想与艾鲁克一起去古代遗迹，艾鲁克本不想再让莉萨再次卷入纷争（这里是一个可选项，选第一项莉萨会加入队伍，第二天阿列克会突发高热暂时退队，选第二项则队伍配置不变），却也不想让莉萨失望。次日，留下宠物潘迪特照看神助攻的阿列克，艾鲁克一行前往古代遗迹。
古代遗迹入口的阶梯是一个伪装，真正的入口在左侧的墙壁上，遗迹深处，三人发现了一台古老的设备。艾鲁克想起以前听过的传说，这个世界依赖着精灵之力，但也存在着另一种与精灵之力迥异的纯粹的能源，这种由机械提取的能源没有善恶之分，被称为“纯净能量”，说话间，设备中的能量突然涌动，全部注入了菲妮亚的项链之中。项链吞噬能量后波澜不惊，众人决定先回莉萨的牧场休整，刚出门迎面对上了前来寻找启动能源的“3M”高级干部--苍光之伊迪亚。伊迪亚惊讶于眼前几个小鬼就是给他们添乱的猎人，菲妮亚也对伊迪亚一口一个小鬼的语气心生厌恶，一场恶战随即展开。打败伊迪亚的随从，伊迪亚也发现古代遗迹能源一空的事实，潇洒离去。艾鲁克看她气定神闲的样子，决定再回能源室检查一遍，能源室的电脑屏幕上，闪烁着另一个地标，吉哈特西北--冰之回廊，原来启动能源的来源地不止一处。
吉哈特地区
佩萨斯的图书馆，玛西亚查阅到了古罗鲁加尔德的一些资料，几千年前，人类世界繁荣昌盛，纸醉金迷，随着人口的增长，人王的野心也不断膨胀，意图染指神灵所居住的天界。人类的自寻死路触怒了神灵，此时七名英雄挺身而出，出色了完成了神灵给予的试练，平息了神灵的怒火。但七英雄的崛起反而让人王心生怨恨，为了杀死七英雄，人王授命制造了最强的机械兵器--古罗鲁加尔德，刺杀七英雄的任务未能得逞，古罗鲁加尔德也因此陷入了长眠。几年前古罗鲁加尔德突然苏醒，又因为艾鲁克等人的活跃再次被击败了。玛西亚再次加入了队伍，但修却不知所踪。
冰之回廊脚底打滑的冰面迷宫弯弯绕绕，等艾鲁克一行到达回廊内部能源室，伊迪亚已抢先一步经提取出了能源。当菲妮亚问道为什么想毁灭全人类，她依然是一副戏谑的口吻：“纵观历史，人类总是不停重复着错误，让他们适可而止也未必是什么坏事”，解开束发，伊迪亚爆发出惊人的气场，领教过“3M”高级干部实力的众人不敢调以轻心，而不久伊迪亚也会发现，她选错了对手。
前两个冰面滑行迷宫的走法：
A：右数第二格开始上-左-上-右-上-右-上
B：右数第五格开始上-左-下-左-上-右-上-右-上-左-上-左
“达姆大人，抱歉不能陪您实现宏愿了，至少把这能源…”奄奄一息的伊迪亚身边闪现出一个熟悉的身影，他接过伊迪亚手中的能源装置，回应道：“我知道了，能源由我转交…”。看清来人的面孔，艾鲁克原地爆炸：“修！你这是几个意思。”，修默不作声的消失在阴影里，艾鲁克想不明白修为什么会协助“3M”组织，更想不明白修怎么会出现在这里，还是菲妮亚情绪稳定，提议先去检查能源装置，电脑屏幕上的亮点闪烁，指向斯特拉南部的库塔奥迷宫。
斯拉特地区
库塔奥迷宫不愧迷宫之名，虽然道路并不复杂，但结构庞大，经常走着走着就迷路了，迷宫深处的能源室，项链又自动提取了装置的能量。电脑屏幕上没有现实下一个场所，看来这是最后一个能源储存点了。修接踵而至，要艾鲁克交出菲妮亚的项链，艾鲁克不希望同伴们手足相残，提议和修赌一把，赢了修交出伊迪亚的能源装置，输了则把菲妮亚的项链交给修。修欣然同意，毕竟之前和艾鲁克过招从未输过，只是嫌这狭窄的迷宫施展不开，另约了一个地点--顿格尔海角。
顿格尔海角，修已在此等候多时，艾鲁克最终击败了修，脚步踉跄的修恢复了短暂的清醒，艾鲁克想上前搀扶，却被修一脚踢开。修让艾鲁克解决自己，艾鲁克当然下不去手，修苦笑着自嘲，明明教你那么多遍，临阵对敌一定要冷酷无情，随手扔出能源装置，修的身影伴随一句再见消失在悬崖边。
几人尝试把能量转移到菲妮亚的项链中（面向菲妮亚使用エネルギーカプセル），项链吸收能量之后发出夺目的光芒。突然菲妮亚身后闪现出一个黑衣人，他一掌便打晕了菲妮亚，并好整以暇的表示，项链和人他一并带走，有了这些能量，足够让那位大人完全复活了。至于菲妮亚，因为艾鲁克等人从中作梗，他已经损失了不少部下，菲妮亚也会和修一样被洗脑，成为他新的棋子。离开前他留下一句话，想救人，就试试来我的空中战舰--“黑暗诺亚”号吧。
空中战舰黑暗诺亚
从初始位置左上的管道进入，进入战斗后可无视，从最左侧门脱离；
离开战斗后向右可进入有恢复与记忆点的房间，该房间通往下层的台阶不明显-_-；
图中主角所站位置即为台阶；
两个图中的机房的电脑可输入密码；
在右侧房间输入“3-2-1”，左侧房间输入“8”；
方可开启进入下一层的通路。
黑暗诺亚号舰桥，黑衣人阿特莫斯意识到自己低估了艾鲁克等人的实力，也生出招揽之心，他以菲妮亚的性命为条件，希望艾鲁克等人成为帮手。他对人类充满恨意，觉得人类满怀贪婪嫉妒，为了一已私利，能轻易的去伤害他人。艾鲁克等人当然明白，人类也有善良的一面，会原谅他人，会互相救赎，但也不能眼看着菲妮亚死在眼前，进退两难之际，黑影闪过，是修夺回了昏迷的菲妮亚。双方话不投机，也没有了投鼠忌器，终于可以放手一战了。不多时胜负已分，黑暗诺亚的舰桥如同苦战之后的主角团队一样伤痕累累，控制台火星四射，眼看就要坠毁，艾鲁克正要组织脱离，却听一声巨响，一个巨大的人影跃入舰桥，竟然是在神之塔交过手的爆炎之罗格斯。罗格斯取走了项链，原来3M的目的，就是要复活古罗鲁加尔德。原来所谓的究极兵器就是机械之王，但黑暗诺亚坠毁在即，重中之重，是先从空中战舰上脱离。飞炎紧急升空，黑暗诺亚如流星撞向山崖，绽放一片爆炸与火光。
斯拉特地区
基斯雷姆郊外，在篝火旁，苏醒的菲妮亚告诉众人，黑衣人阿特莫斯真名叫达姆·福尔巴赫，曾是一名天才的科学家，通过他的研究获得了数不尽的财富与莫大的名声。在他的某项研究即将成功之即，一些嫉妒他的同行与眼馋他财富的人，绑架了他的家人，试图妨碍他的研究。最终他没能救回妻女，研究也宣告失败。众人一阵唏嘘，修也交流了一下他所获得的情报，阿特莫斯此后不光痛恨陷害他的人，甚至仇视人类整个种族，他发誓要复仇，因而创立了“3M”组织，而组织中的某位古代文献研究者发现了古罗鲁加尔德这个究级兵器。奇怪的是调查过程中完全没有发现有从神之塔运送机械的记录，修与菲妮亚都觉得，古罗鲁加尔德有可能还在神之塔。
神之塔地区
神之塔一楼，菲妮亚找到了前往地下一层的通路，地下戒备森严，通往下一层的门禁都需要通过电脑解锁。在神之塔深处，艾鲁克三人击败了爆炎之罗格斯，但悍不知死的罗格斯硬是顶住压力成功复活了古罗鲁加尔德，上一次本就是被艾鲁克等人送入轮回，既然没能成功阻止，那只能再来一次了。击倒古罗鲁加尔德之后，菲尼亚取回项链，项链内还残留着一些能量，散发着着淡淡的光芒。众人为改变了未来而喜悦，却没注意到身后缓缓站起的身影，古罗鲁加尔德蓄力一击，菲妮亚下意识的举手格档，项链的光芒突然迸发，将众人带入了另一个空间。菲妮亚在异空间里见到了亚克与库库鲁的幻象，原来菲妮亚是库库鲁的后代，危急之际，是库库鲁将主角一行拉入了异空间，但古罗鲁加尔德的能量波动依旧，为了未来，主角团还需要与其一决雌雄。库库鲁吟唱出恢复的咒语，空间之门开启，古罗鲁加尔德与主角团队一起掉落在500年后的废墟之上。
古罗鲁加尔德敏锐的发觉，项链还具备时空穿梭的能力，一边畅想利用项链一雪前耻，一边能力全开，将周围的部件全部吸收，成为一个巨大的机械怪物。身经百战的猎人们也打起十二分的精神，为了未来世界的命运而挥洒热血。正义最终战胜了邪恶，未来的人们不用再蜗居于地下，眼见空间之门即将关闭，艾鲁克招呼菲妮亚一起离开。菲妮亚最终还是选择留在未来，这里才是她的归宿，艾鲁克解下头巾，递给菲妮亚作为纪念，转头迈入空间之门。当前时间节点的神之塔外，战友们正昂首期盼着战士的归来…
